A Área de Relevante Interesse Ecológico (ARIE) do Guará localiza-se na face lagunar da Ilha Comprida, possui 455,275 hectares de área e tem como principal objetivo a proteção de aves que procriam e se alimentam na região, exercendo uma influência importante no ambiente marinho e costeiro das áreas protegidas do Complexo Estuarino-Lagunar de Iguape, Cananéia, Ilha Comprida e Paranaguá.
A ARIE do Guará foi criada em conjunto com a APA Marinha do Litoral Sul através do Decreto Estadual nº 53.527, de 2008.
As duas unidades “são administradas pela Fundação para a Conservação e a Produção Florestal do Estado de São Paulo, vinculada à Secretaria de Estado do Meio Ambiente (Decreto Estadual nº 53.527, de 2008).
Como determinado no Decreto Estadual nº 53.527, de 2008, a gestão dessas duas unidades deverá ser realizada em conjunto, de maneira integrada e participativa. O Conselho Gestor, criado em março de 2009, deverá ser renovado a cada dois anos e é constituído por representantes do poder público e da sociedade civil organizada, como: representantes das Colônias de Pescadores e associações de pescadores profissionais, dos maricultores, dos empresários de pesca, das entidades de defesa do mar, do ecoturismo, do turismo náutico e da pesca amadora e esportiva, institutos de pesquisa e universidades (FUNDAÇÃO FLORESTAL DE SÃO PAULO, 2010).”
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